Патриарх Ириней был самым нежелательным, с точки зрения Израиля, кандидатом на опустевший после смерти Патриарха Диодора в 2000 году Иерусалимский престол. Синод утвердил кандидатуру Иринея 13 августа 2001 года, несмотря на 8-месячное сопротивление со стороны Израиля. Новый Патриарх с самого начала заявил о своей поддержке палестинской борьбы за независимость, поддерживал дружеские отношения с главой Палестинской автономии Ясиром Арафатом, осуждал как теракты палестинцев, так и действия израильской армии на палестинских территориях.

Одной из главных причин незаконного низложения Патриарха Иерусалимского стало его нежелание и сопротивление активному присоединению к экуменическому движению ( оно провозглашает целью духовное и организационное  объединение всех христиан), финансируемому США и имеющем целью влиять на сознание двух миллиардов людей, используя Слово Божие для достижения своих интересов.  Так при Патриархе Ириние "Отныне и вовеки" запретили вход в Вифлеемскую церковь Рождества Христова американскому президенту Джорджу Бушу и его министру обороны Дональду Рамсфелду, британскому премьеру Тони Блэру и его министру иностранных дел Джеку Стро. Православный Патриарх не мог считать их единоверцами и иметь с ними церковное общение. И то что теперь все иначе,  красноречиво доказывает одна из первых экскурсий в том самом Храме Рождества Христова, которую провёл вновь избранный Патр. Феофил 3. Это кстати объясняет и русофобские высказывания в адрес России и русских,   которые позволяет себе ставленник константинопольского Патриарха Варфоломея 1 не подозревающего, чьим целям он служит  .

Эти высказывания имели место в связи с поездкой на Святую землю,, которую в апреле 2008 г. организовал Фонд св. апостола Андрея Первозванного, возглавляемый президентом ОАО "РЖД" Владимиром Якуниным ( см. http://www.portal-credo.ru/site/?act=news&id=62039&cf )

По словам известного российского миссионера протодиакона Андрея Кураева , "Поводом для откровенных заявлений" Патриарха стал вопрос одного из членов российской делегации о том, считает ли Патриарх нормальным, что прихожане его патриархата - это арабы, а епископы - сплошь греки. Далее диакон Андрей Кураев так цитирует слова Патриарха Феофила: "Наша Церковь никогда не занималась политикой и бизнесом. Господь хранит нас как колыбель всех церквей. Он хранит Своим Промыслом нас Сам. Но это греческая метафизика, которую русским, наверно, трудно понять".  А далее из уст Патриарха прозвучало следующее   "Мы жили хорошо и мирно, пока здесь не появился Порфирий ( Успенский, основатель Русской духовной миссии в Святой земле)... Он, может, святой человек, но он отравил нашу жизнь ядом национализма... Со времени императрицы Екатерины для России главное не Балканы, а именно Иерусалим. С той поры ничего не изменилось... Россия совершает здесь культурную и политическую агрессию". Патриарх Феофил, по словам о. Андрея, убежден, что Сталин вынашивал тайные планы захвата Палестины.

Предстоятель Иерусалимской Церкви также, по сути, публично поставил под сомнение   представления о обряде возжигания огня в Великую Субботу в храме Гроба Господня. По словам диакона Андрея Кураева, Патриарх всячески избегал терминов "чудо" или "схождение", заявив, что обряд Великой Субботы - "это церемония, которая является representation, как и все другие церемонии Старстной седмицы. Как некогда пасхальная весть от гроба воссияла и осветила весь мир, так и ныне мы в этой церемонии совершаем репрезентацию того, как весть о воскресении от кувуклия разошлась по миру". Миллионы православных во всем мире, и особенно в России на протяжении многих веков верят в благодатное снисхождение этого Огня с Неба, свидетельствующее о истинности Православия

"Откровеннее сказать о зажигалке в кармане он, наверно, и не мог", - подытожил  диакон Андрей Кураев.

Также, весомой причиной незаконного низложения Патриарха Иринея стала его намерение навести порядок среди «Святогробского Братства»  в котором, по свидетельству Патриарха, нарушение канонов и нравственных законов стало нормой